历史学是清华大学历史最悠久、成就最辉煌的学科之一，1911年建校初期就开设有中国史、西洋史等课程，1926年正式成立历史系，著名学者王国维、梁启超、陈寅恪、陆懋德、蒋廷黻、刘崇鋐、雷海宗、张荫麟、吴晗、邵循正、王信忠、孙毓棠、周一良、丁则良、王永兴等都先后在历史系执教，并形成了中西交融、古今贯通的学术传统，培养了一批又一批高水平的史学人才。

                        1925年，清华国学研究院(自左至右)前排：李济、王国维、梁启超、赵元任，后排：章昭煌、陆维钊、梁廷灿

1952年院系调整，历史系并入北京大学等校，其后三十多年间，清华大学没有历史系建制，但中国近现代史的教学与研究并没有中断。同时中国科技史、建筑史等学科在清华得到大力发展。二十世纪八十年代以后，清华大学逐渐恢复包括历史学科在内的人文学科。1985年成立思想文化研究所，主要从事中国古代思想文化史的研究。1993年，清华历史系恢复建制。2001年中央工艺美术学院并入清华，原中央工艺美术学院具有重要影响的艺术史学科也成为清华史学的一个重要组成部分。2003年，历史系与思想文化研究所合并，新的历史系成立，属于新成立的人文社会科学学院。2007年，专门史二级学科成为国家重点学科。2008年，历史学一级学科列入北京市一级重点学科。同年，历史系牵头成立清华大学出土文献研究与保护中心，从事清华简等出土文献的保护整理与研究工作。2011年，以该中心为主建立的“出土文献与中国古代文明研究中心”获批为教育部人文社科重点研究基地。2013年，清华大学牵头成立“出土文献与中国古代文明研究”协同创新中心，并于2014年通过教育部的正式认定。2018年，清华大学出土文献研究与保护中心成为校级科研单位。2020年，中国史一级学科入选国家级一流本科专业建设点。2023年，中国史一级学科在教育部第五轮学科评估中获评A-。

由于清华文科的特殊经历，清华历史学科在复建之后具有起点高、国际化、多学科交融的特色。经过40多年的建设，依托清华大学良好的学术环境，如今的清华历史系定位明确、优势突出。中国史方面，中国古代史、中国近现代史、社会经济史、思想史、历史文献学等方向名家众多，积淀深厚，学术成果在国内外影响广泛。世界史方面，西方史学理论及史学史、中外交流史、欧洲中世纪史、思想史、环境史、全球史等方向成绩斐然，不仅推动了国内世界史研究的发展，也在国际学界享有一席之地。