历史系现有中国史、世界史两个一级学科，其中中国史学科下设历史文献学、中国古代史、中国近现代史、专门史4个研究方向，世界史学科下设史学理论及史学史、世界古代中古史、近现代史、地区国别史、专门史与整体史5个研究方向。两个一级学科均招收各相关领域的博士生、硕士生、本科生、外国留学生，并设有中国史与世界史两个博士后流动站。

历史学专业本科生现由日新书院负责日常管理，历史系教师承担学业指导工作，包括担任学术导师、开设专业课程、指导毕业论文写作等。开设的课程包括“中国古代文明”“历史学是什么”“历史文献学”等人文基础课程，各断代史、专题史、国别史等专业主修课程，以及多种“经典研读与专题研讨”的seminar课程。

历史学专业研究生由历史系负责具体教学和培养工作。其中普通博士生的基本学习年限为3-4年，直博生和硕博连读生（含硕士生阶段）基本学习年限为4-5年，硕士生基本学习年限为2年。在读期间，普通博士生、硕博连读生需修习不少于18学分的课程学分，直博生需修习不少于37学分的课程学分，硕士生需修习不少于23学分的课程学分。在完成课程学分的基础上，博士生需经历资格考试、选题报告（开题）、中期检查、年度报告、最终学术报告（预答辩）、论文评审、答辩等培养环节，并在校内外举办的研讨会或沙龙等活动上作至少2次公开学术报告，其中1次需在最终学术报告之前，抽取学位论文的某一章节作公开学术报告。硕士生需经历选题报告（开题）、中期检查、答辩等培养环节，并参加8次以上的学术活动，其中2次为跨专业的学术报告，且每次应有500字以上的小结。