2003年，历史学科开始招收本科学生。培养目标是使学生在具备良好的人文学基础知识之上，比较系统地接受历史学的基础性专业训练，从而为进入研究生阶段学习和深造奠定良好的专业基础。此外，该专业所培养的学生不仅为历史学研究提供后备人才，而且具有在新闻、出版、文化和宣传等部门工作所需要的综合素质和人文历史学素养方面的优势。学生入学后，先在人文社会科学综合试验班（自2005年起为人文科学试验班）完成三个学期的人文学科的基础训练后，再进行历史学的学科专业训练。除各种公共课程之外，人文学科的基础训练，主要依托中西经典研读方面的课程（其中，“中国经典研读”和“西方经典研读”分别连续开设三个学期）和“文史哲学术入门”等课程来进行。在进入历史学科的专业训练之后，开设的主干课程有“先秦史”、“秦汉史”、“魏晋南北朝史”、“隋唐史”、“宋元史”、“明清史”、“晚清史”、“民国史”、“现当代中国史专题”、“世界上古中古史”、“世界近现代史”、“世界地区与国别史”、“历史文献学”、“历史文选”等。此外，学生应在第三学年结束时完成专业实践的训练环节，并于第四学年在相关领域教师的指导下，撰写本科毕业论文。

    目前，清华历史学科拥有多位年富力强、在各自专业领域内具有较大影响的知名学者，在中国古代史、专门史（如思想史、经济史、社会史）、历史文献学等学科领域具有较大优势。清华历史学科已有20多年研究生教育的经验，现有的多位学术带头人来自各个不同的学术单位，大多在学生培养方面积累了丰富经验图书资料的收藏也在全国历史系所中名列前茅。2006年，历史学科成为博士授予权一级学科点，为该学科的进一步发展创造了良好的条件。